为落实和扩大学校办学自主权，《教育规划纲要》要求政府及其部门“减少和规范对学校的行政审批事项，依法保障学校充分行使办学自主权和承担相应责任”。

《教育规划纲要》在多个方面保证高等学校的办学自主权，包括：自主开展教学活动、科学研究、技术开发和社会服务，自主设置和调整学科、专业，自主制定学校规划并组织实施，自主设置教学、科研、行政管理机构，自主确定内部收入分配，自主管理和使用人才，自主管理和使用学校财产和经费。 长期以来，我国行政部门对高校管理得过多过细，导致高校行政化趋向严重，以“权力”而非“学术”为中心，影响了原有的单纯的教学气氛。

为克服高校行政化倾向，《教育规划纲要》提出要“取消实际存在的行政级别和行政化管理模式”。完善学校目标管理和绩效管理机制。健全校务公开制度，接受师生员工和社会的监督。

中国科技大学原校长、南方科技大学校长朱清时认为：落实高校办学自主权，就是按照教学规律办学，引导学校依法办学。高校必须以教授为主导，改变当前依靠行政权力治校的局面。

对此，《教育规划纲要》还提出要完善中国特色现代化大学制度，其中很突出的亮点是要“探索教授治学的有效途径，充分发挥教授在教学、学术研究和学校管理中的作用”。同时，要“加强教职工代表大会、学生代表大会建设，发挥群众团体的作用”。

《教育规划纲要》还针对当前高等教育领域备受关注的学术环境和学术质量提出改革思路——确立科学的考核评价和激励机制；建立高等学校质量年度报告发布制度。

同时，对比国外大学的特色发展，《教育规划纲要》还提出：探索适应不同类型教育和人才成长的学校管理体制与办学模式，避免千校一面。